Subbagian Program dipimpin oleh seorang Kepala Subbagian yang berada di bawah serta bertanggung jawab kepada Sekretaris.

Subbagian Program mempunyai tugas membantu Sekretariat dalam melaksanakan penyiapan koordinasi dan penyusunan rencana program, kegiatan dan anggaran serta pengumpulan pengolahan, pengevaluasian, dan pelaporan kinerja.

Untuk melaksanakan tugas tersebut, Subbagian Program melaksanakan fungsi sebagai berikut :

1. penyusunan rencana kegiatan Subbagian Program;
2. penyiapan bahan penyusunan Rencana Strategis dan program kerja Dinas;
3. penyusunan Rencana Kerja dan Anggaran, Dokumen Pelaksanaan Anggaran dan Dokumen Perubahan Pelaksanaan Anggaran;
4. penyusunan Penetapan Kinerja, Perjanjian Kinerja dan Laporan Kinerja Dinas;
5. pelaksanaan harmonisasi dan sinkronisasi program kerja dari setiap Bidang dan UPT;
6. pengendalian dan pelaporan program kerja Dinas;
7. penyelenggaraan kegiatan pengelolaan sistem informasi kesehatan secara terintegrasi;
8. pengoordinasian dan penyelenggaraan reformasi birokrasi Dinas;
9. pemantauan, pengevaluasian dan pelaporan pelaksanaan tugas Subbagian Program; dan
10. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Sekretaris sesuai dengan tugas dan fungsinya